Berlandaskan realitas atas keberadaan Masyarakat Adat dengan segala hak-haknya, dan juga dengan adanya pengakuan hukum internasional, maka Kongres pertama telah mengamanatkan kepada AMAN dan semua unsur gerakan Masyarakat Adat lainnya untuk mendorong dan memprakarsasi terjadinya perubahan terhadap kebijakan-kebijakan negara yang melanggar hak-hak dan meniadakan keberagaman Masyarakat Adat serta mengingkari kedaulatan Masyarakat Adat, yaitu antara lain:
- Hak menguasai negara atas sumberdaya alam (yang diatur dalam UUD 1945 Pasal 33 ayat 3, UU Pokok Agraria, UU Pokok Pertambangan, UU Kehutanan, UU Perikanan, UU Penataan Ruang);
- Sentralisme pemerintahan dan kebijakan otonomi daerah yang hanya menekankan pada pelimpahan wewenang pemerintah pusat ke pemerintah daerah;
- Pemaksaan konsep desa yang seragam sebagai satuan pemerintahan terkecil; dan
- Pemerintah sebagai penguasa.
Perubahan Kebijakan dan Hukum Negara
Dalam upaya advokasi ini, AMAN, baik dengan upaya sendiri maupun dengan menjalin kerjasama dengan para pendukungnya, terlibat mempengaruhi proses dan hasil perubahan kebijakan dan hukum negara, antara lain yang penting adalah:
- Penataan sistem pemerintahan dengan keluarnya UU No. 22 Tahun 1999 tentang Pemeritahan Daerah dengan diterimanya otonomi asli di tingkat desa
- Perubahan UU Kehutanan dengan keluarnya UU No. 41 Tahun 1999 yang hanya mengakui hak pengelolaan dan tidak mengakui hak kepemilikan/penguasaan Masyarakat Adat atas hutan adat sehingga secara politis diboikot/ditolak oleh AMAN;
- UU tentang Hak Azasi Manusia;
- Ratifikasi Konvensi tentang Penghapusan Diskriminasi Rasial.
- Amandemen UUD 1945 dan pembuatan TAP MPR No. IX/2001 tentang Pembaruan Agraria dan Pengelolaan Sumberdaya Alam yang memberi landasan bagi perubahan berbagai UU sektoral yang menjamin pengakuan dan perlindungan hukum terhadap hak-hak asal-usul/tradisional Masyarakat Adat;
- Reformasi kebijakan pengelolaan sumberdaya alam bekerja dengan bergabung dalam Kelompok Kerja RUU PSDA yang saat ini sedang membuat draft RUU PSDA bekersama KLH dan BAPPENAS;
- Pembuatan kebijakan kelautan dan perikanan yang sudah menghasilkan Keputusan Menteri Ekplorasi Laut dan Perikanan tentang Pedoman Umum Pengelolaan Pulau-Pulau Kecil Berbasis Masyarakat dan draft RUU Pengelolaan Wilayah Pesisi dan Pulau-Pulau Kecil;
- Perbaikan proses pembuatan kebijakan publik dan penataan sistem politik dengan keluarnya UU Partai Politik dan UU PEMILU dan beberapa perturan pemerintah, KEPPRES dan Keputusan Menteri yang memberikan akses yang lebih luas bagi perluasan partisipasi politik Masyarakat Adat, baik secara langsung maupun lembaga perwakilan.
